Центр осуществляет профилактическую и организационно-методическую работу и оказывает консультативную, лечебно-диагностическую, реабилитационную помощь детям и подросткам (в возрасте от 0 до 17 лет включительно) и молодежи (студентам дневных, очных высших и средних учебных заведений), направленную на сохранение и укрепление их репродуктивного здоровья.

При этом амбулаторная помощь оказывается в Центре охраны репродуктивного здоровья подростков по направлению врачей педиатров, детских гинекологов, детских урологов-андрологов ЛПУ края. Стационарная помощь оказывается: гинекологическим отделением - девочкам и подросткам от 0 до 18 лет с гинекологическими заболеваниями - плановая и экстренная госпитализация; детским хирургическим отделением - мальчикам и подросткам с урогенитальными заболеваниями по направлению детских хирургов и детских урологов-андрологов - плановая госпитализация.